Em meio às montanhas da Serra do Boturuna, apoiada em uma pedra no Rio Tietê, uma imagem de Jesus flagelado e coroado com espinhos foi encontrada pelo senhor José de Almeida Naves em 1725. Ele a levou para casa e não demorou muito para que a população de Pirapora – à época pertencente à Vila de Santana de Parnaíba – e do entorno difundisse a piedade popular ao Senhor Bom Jesus. Em 2025, o achado da imagem completa 300 anos, e uma festa solene, que prossegue até 6 de agosto, tem levado milhares de fiéis ao Santuário criado em 1887 e erigido como Paróquia em 1897, à época pertencente à Diocese de São Paulo. De 1896 até o começo da década passada, o Santuário esteve sob os cuidados dos padres da Ordem dos Cônegos Regulares Premonstratenses; a partir de 2013, o pároco era da Diocese de Jundiaí – à qual o Santuário pertence – e desde abril de 2018 é cuidado pela Congregação do Santíssimo Redentor (Redentoristas).